Unter dem Aspekt ganzheitlicher Medizin und Sichtweise auf die Patientinnen und Patienten kooperiert das Johanna-Etienne-Krankenhaus mit zahlreichen weiteren medizinischen Institutionen.
Dazu gehören:

• Facharztpraxen im Facharztzentrum Neuss
• fachübergreifende Kooperationen innerhalb der Kompetenzzentren am Johanna-Etienne-Krankenhaus
• Kooperationen in der Unternehmensgruppe der St. Augustinus-Kliniken
• Kooperationen mit Kliniken der Maximalversorgung (beispielsweise Helios-Klinikum Krefeld oder Universitätsklinik Düsseldorf)